Yza y Emma están enamoradas, pero lo mantienen en secreto. Se besan en los rincones escondidos del internado, escapan de las sombras de sus madres y hacen planes para un futuro en donde no dependan de nadie. Pero su armonía se verá sacudida por las páginas de cierto diario, lo que provocará que una de ellas tome una decisión desgarradora.
«La memoria es cruel. Nos juega malas pasadas: aquello que anhelamos resguardar es lo primero que se pudre y eso que ansiamos olvidar es lo que subsiste toda la vida. ¿Cómo cambiarle el orden a las cosas? ¿Cómo conservar entre los dedos las arenas escurridizas de los momentos más preciados?».
Armonía secreta es la segunda entrega de la trilogía El misterio de la Escritora de Stef León, en la que la autora narra la historia de amor entre dos chicas a principios del siglo xxi en un país donde que te llamen «lesbiana» es peor a que te llamen «prostituta».