Турецкий авангард 14 июня вошел в Эврип с южной стороны и высадил на остров, у самого города, небольшой отряд. Почти одновременно с этим, что говорит о прекрасной согласованности действий, всегда отличавшей хитроумные операции Мехмета, прибыл сам султан во главе сухопутного войска и расположился на берегу материковой части. Потом его инженеры, не обращая внимания на мост, принялись возводить новый, понтонный, немного севернее старого. Работы завершились за шесть дней. Мехмет с половиной армии переправился и начал осаду, а вторая половина осталась прикрывать тыл и обеспечивать войско провизией.
Венецианский гарнизон с помощью местных жителей стойко защищал город на протяжении трех недель. За это время они отразили не меньше пяти серьезных атак. Но пушка Мехмета (быть может, та самая, что разрушила стены самого Константинополя) круглые сутки беспрерывно била в один и тот же участок стены, и в начале июля стало ясно, что вот-вот появится большая брешь. Весть об этом дошла до генерал-капитана. Он был человеком осторожным. Несмотря на усилия всей Венеции поскорее снабдить его флотом, он еще не добрался до северной части пролива. Даже теперь он медлил принимать решение. Его вынудили поторопиться собственные капитаны, и он наконец отдал приказ заходить в канал и идти к турецкому мосту и осажденному городу.
Дул свежий попутный бриз. Прилив тоже благоприятствовал венецианцам. Когда корабли набрали скорость, отчего им было не снести турецкий мост, отрезав Мехмета от его тылов, как это сделал Хуньяди под Белградом? В самом деле, трудно представить иные цели такого маневра. Но в последний момент мужество покинуло Каналя. На виду у всего города он пошел на попятный и, несмотря на протесты капитанов, приказал развернуть корабли и выходить из канала в безопасное место.
Этим он определил участь Негропонта. Нельзя было яснее показать его защитникам, что они брошены на произвол судьбы. Они продолжали защищаться, но их силы питало теперь лишь отчаяние. На следующий день, 12 июля, армия султана через пролом в стене ворвалась в город. Но битва не закончилась даже на этом. Улицы оказались перегороженными бревнами и бочками, и туркам пришлось испытать на себе не только град из кусков черепицы с крыш, но и потоки горячей извести и кипящей воды из верхних окон. Турки жестоко мстили, убивая мужчин, женщин и детей. К вечеру не многие из жителей Негропонта остались в живых. Правитель города Паоло Эриццо укрылся в одной из башен и сдался только в обмен на обещание сохранить его голову. Верный обещанию, Мехмет приказал разрубить ему туловище.
Вести о падении Негропонта вызвали в Венеции ужас. За этим городом должна была последовать целая череда крепостей на протяжении 120 миль. Одна из крупнейших гаваней в Эгейском море теперь была недоступна для венецианских судов, а турки могли ее использовать как базу для нападения на соседние, мелкие колонии.