В 1523 году Мартин Лютер написал хохмейстеру Альбрехту: «Ваш орден весьма странен и особенно потому, что был основан для борьбы с неверными. Поэтому он должен драться мирским мечом и действовать по-мирски, и, однако, в то же время он должен быть духовным, давать обет безбрачия, бедности и послушания и соблюдать эти обеты, подобно другим монашеским орденам». В своем обычном обличительном духе доктор Лютер далее назвал орден неким гермафродитом. В Рождество 1523 года епископ Земланда Георг фон Потенца, член ордена, публично заявил, что принимает лютеранство, в проповеди в Кенигсбергском соборе: «В этот день Христос родился снова». Новая доктрина уже распространилась среди бюргеров и даже среди рыцарей.
Альбрехт встретился с Лютером в Нюрнберге на рейхстаге 1524 года и был обращен. 8 апреля 1525 года хохмейстер подписал Краковский договор. Отныне он получал от польского короля Пруссию в качестве наследственного герцогства. На следующий день он принес оммаж королю Сигизмунду (брату его матери) на рыночной площади Кракова. Он почти не встретил сопротивления, потому что специально оставил незанятыми посты гросскомтура и маршала ордена и на последний капитул в Кенигсберге созвал только необходимый кворум из 55 рыцарей. Эрих Брауншвейг-Вольфенбюттель, комтур Мемеля, единственный из старших должностных лиц, кто пытался противодействовать. Прочие были недовольны, но ничего не предприняли. Филипп фон Крейц, комтур Инстербурга, составил реляцию, в которой называл этот переворот «грязным делом» и сравнивал своих братьев по ордену с лягушками, которые просили себе короля, а получили журавля, как в басне Эзопа; он признавал, что сам закрыл на это глаза, чтобы сохранить свою командорию. Некоторые рыцари женились и основали прусские дворянские роды, а другие вернулись в Германию. Герцог Альбрехт с успехом правил до самой смерти в 1568 году, а его сын – до 1618 года, когда его родственники Гогенцоллерны, династия курфюрстов Бранденбурга, унаследовали Прусское герцогство.