Дальнейшее реформирование системы государственного управления связано с именем М. М. Сперанского, который в 1807 г. занял должность статс-секретаря Александра I, а в 1808 г. - должность министра юстиции. По проекту Сперанского законодательным органом империи должна была стать Государственная Дума, которая бы имела приоритетное значение в принятии законов страны. Исполнительным органом власти должны были стать министерства. Совещательным Органом при императоре предполагалось сделать Государственный Совет, в состав которого должны были входить высшие сановники. При этом у императора оставалось преимущественное право назначения министров, внесение законодательной инициативы. Сословную структуру общества предполагалось сделать более мобильной (т. е. речь шла о возможности перехода из одного сословия в другое с приобретением соответствующих гражданских прав). В результате, большая часть преобразовательских планов Сперанского осталась лишь на бумаге, однако они оказали определенное влияние на взгляды Александра I, который 1 января 1810 г. издал указ о формировании Государственного Совета. Во главе его канцелярии встал М. М. Сперанский. Хотя функции нового органа и были исключительно совещательными, даже в таком виде они не оправдали надежд Сперанского. Одновременно с этим были уточнены функции и полномочия министерств (июнь 1811г.). Их деятельность должна была строиться на принципе единоначалия, т. е. вся ответственность за принятие решений ложилась на министра. Инициатива Сперанского реформировать Сенат была заблокирована Государственным советом.
Несмотря на то, что большинство предложений Сперанского не были реализованы, даже те преобразования, на которые пошел Александр I, вызвали резко отрицательную реакцию значительной части дворян. Поэтому в марте 1812 г. Сперанский был уволен и отправлен в отставку, а затем сослан в Пермь.,