ALS, 1864: Konseilspræsident Monrads søn bliver bortført under sin tjeneste som soldat på Als. Preusserne har besat Dybbøl Banke. Fredsforhandlingerne er brudt sammen, og våbenhvilen er udløbet. Hvem står bag? Er det fjenden? Er motivet personligt, eller ønsker bortførerne penge?
Oberst Bielke rejser modvilligt til Als for at lede efterforskningen. Hans virkelige motiv er dog ikke at finde Monrads søn, men at dække over den forbrydelse, han selv har begået. Belønningen for succes er en stilling ved det nyetablerede Opdagelsesinspektorat, mens straffen for nederlag er udsigten til tremmer af sortmalet jern i et dunkelt fangehul.
Endnu et preussisk angreb er nært forestående. Vidnerne er ikke, hvad de giver sig ud for, og Bielkes fjender ånder ham i nakken. Vil det lykkes ham at opnå sit mål, før det er for sent?
OBERSTENS DILEMMA er en dramatisk kriminalhistorie, som udspiller sig midt i en af de mest epokegørende begivenheder i Danmarkshistorien, og en selvstændig fortsættelse til Mordet ved Dybbøl Banke.