La trama de esta apasionante novela se centra en tres peripecias humanas claramente interrelacionadas. En 1942, Lawrence Pritchard Waterhouse, un genio matemático y capitán de la Marina estadounidense, colabora con Alan Mathison Turing y los especialistas británicos de Bletchley Park en el trabajo de descifrar los códigos de las potencias del Eje. Sesenta años más tarde, la empresa de su nieto y también brillante criptohacker, Randy Lawrence Waterhouse, proyecta crear, en una isla del sureste asiático, la Cripta: un nuevo paraíso de datos y el mayor exponente de la libertad informática. Y, como un complementario lazo de unión entre los dos Waterhouse, CRIPTONOMICÓN se detiene también en la peripecia del eficiente marine Bobby Shaftoe, compañero del capitán Lawrence en la Segunda Guerra Mundial y abuelo de una colaboradora de Randy en el presente. Evidentemente, si la matemática de los primeros criptoanalistas tuvo que someterse a las necesidades de la Segunda Guerra Mundial, el proyecto de la Cripta de datos de nuestro presente ha de verse condicionado por las normas y leyes no escritas de las altas finanzas internacionales y por el nuevo juego de poder que permiten las infotecnologías. La aventura, intelectual y humana, está servida. Resulta imposible resumir las complejas intrigas que llevan al Waterhouse del presente a la caza de un tesoro submarino perdido en el Pacífico al tiempo que, con honestidad de hacker, defiende los intereses de su empresa, Epiphyte Corporation. Por su parte, el otro Waterhouse se enfrenta a la complejidad de los códigos de las potencias del Eje y, lo más importante, intenta lograr que el enemigo no descubra que han sido descifrados incluso los códigos obtenidos gracias a la ayuda de máquinas como la alemana Enigma.