Путин с реформирования ФСБ, дабы ослабить его экономические отделы и засевший в них старый генералитет. Он вывел за штат примерно две тысячи офицеров, включая сотрудников этих отделов и генералов Коллегии ФСБ, а на освободившиеся вакансии в Коллегии назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших своих сослуживцев, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 года своим заместителем в ФСБ он сделал Патрушева. В Москву также перевели коллег Путина по ленинградскому КГБ Владимира Проничева, ставшего начальником Департамента по борьбе с терроризмом, и Виктора Петровича Иванова, назначенного начальником Управления собственной безопасности (УСБ) ФСБ — внутренней контрразведки416. Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до полковника