Hvorfor bliver den kvindelige arkitekt, Therese Pedersen, dræbt af et haglskud på Ringkøbing Fjord? Hvorfor var hendes ungdomskæreste, den berømte dokumentarist og havbiolog, Niels Brix, kun få meter væk?
Da politiet retter søgelyset mod Niels, får han pludselig travlt med at finde svar. Det viser sig snart, at Thereses død har forbindelse til en brutal, islamistisk terrorgruppe i Paris med en mørk og blodig hemmelighed, som truer den politiske stabilitet i Europa. Og Niels er den eneste, der kan afværge katastrofen.
Mekkalinjen er en intens thriller, der sætter politiske forhold på spidsen og derigennem udvikler et nervepirrende plot.