Hvor idealet for moderne universiteter er akademisk frihed, der til hver en tid skal stå over politiske, religiøse og økonomiske hensyn, blev Københavns Universitet med Kirkeordinansen til en censurinstitution, der fik til opgave at sikre, at intet blev trykt eller udgivet, som stred mod den rene lære.25 De to pinagtige emner, universitetscensuren især skulle holde øje med, var teologi og politik.