Bjergets skygge begynder i det myldrende og pulserende Bombay, to år efter begivenhederne i Shantaram, hvor millioner af læsere verden over blev præsenteret for Lin, den australske flygtning, som slår sig ned i slummen i Bombay og bliver hyret til at forfalske pas for mafiaen. I Shantaram mistede Lin to personer, han elskede: sin faderfigur, Khaderbhai, der døde, og sin sjæleven, Karla, der havde giftet sig med en indisk mediebaron. Lin er kommet tilbage til et meget forandret Bombay. Mange af vennerne er borte, og nye mafialedere har viklet mafiaen ind i voldelige intriger, som eskalerer. En hellig mand udfordrer Lin. Alt, hvad han troede, han vidste om kærligheden og livet, bliver sat på prøve. Men Lin kan ikke forlade byen: Karla og et skæbnesvangert løfte holder ham fast.
Og dermed er Shantarams læsere tilbage, hvor de ønsker at være — fastholdt i Gregory David Roberts’ magiske fortællergreb.