В «Матрице» имеется немало точек соприкосновений с буддизмом. Очевидно, что фильм формулирует основную проблему как проблему разума. Сама Матрица аналогична сансаре, иллюзорному миру, который не является реальностью, хотя и кажется таковой. Морфеус говорит Нео, что «Матрица повсюду, она окружает нас со всех сторона, даже в этой комнате. Ты можешь видеть ее из окна или по телевизору. Ты чувствуешь ее, когда идешь на работу или в церковь или когда платишь свои налоги. Это мир, натянутый тебе на глаза, чтобы скрыть от тебя правду». Другими словами, стержневая проблема человеческого существования заключается в незнании подлинной природы реальности. Позже Морфеус говорит, что именно наша обусловленная «привязанность» к этой иллюзорной реальности не дает большинству людей оторваться от нее после определенной возрастной черты. В фильме есть намек на реинкарнацию, когда Пифия сообщает Нео, что он не Избранный, прибавляя, однако, «может быть, в следующей жизни». Еще одно указание на реинкарнацию содержится в утверждении Морфеуса о том, что человек, который впервые выйдет из Матрицы, вернется в качестве Избранного.