К зрелому периоду его творчества принадлежит не только упоминавшаяся выше Девятая симфония, но и несколько работ, неслыханных для начала XIX века по своему гармоническому строению: например, знаменитая «Большая фуга», отпочковавшаяся от одного из струнных квартетов. Сложнейшая технически, труднопостижимая по форме и структуре, фуга казалась первым слушателям печальным следствием бетховенской глухоты — дескать, будь композитор способен услышать, что он написал, он бы сам пришел в ужас. В действительности это был как раз триумф его внутреннего слуха — сочинение, которое мир смог по достоинству оценить лишь век спустя (большим почитателем фуги был, например, Стравинский).