JASON BOURNE bliver kastet ud i en ekstremt farlig og indviklet sag, da han tilbyder at hjælpe sin mentor, Professor Specter, med at opklare et mord på den unge studerende Pjotr Zilber. Sporene peger mod Europa og et hidtil ukendt islamistisk terrornetværk, som har planer om et storstilet angreb på USA. Disse planer er også kommet National Security Agency for øre, så mens Bourne sætter jagten ind på netværkets leder, sætter NSA jagten ind på Bourne for at fuldføre det, som CI aldrig har kunnet: at eliminere ham …