Isaac Newton var som fysiker og matematiker en af de største videnskabsmænd, verden har oplevet. Historien om naturforskeren Newton er blevet fortalt mange gange og er kendt af enhver, som blot har stiftet selv det mindste bekendtskab med fysikken og dens udvikling. Men der er også en anden og mindre kendt historie om Newton, nemlig beretningen om metafysikeren, historikeren, religionsforskeren og alkymisten Newton. Det er den historie, der fortælles i Natur, videnskab og metafysik, der også rummer et håndplukket udvalg af Newtons egne tekster.