Tyskland, 1945. Med bankende hjerte flygter Hannelore Foss fra togstationen og ind i den første bil hun ser. Gennem mange grusomme år har hun kæmpet mod sin far, der er højtstående nazist. Efter hun er blevet taget på fersk gerning i et forsøg på at redde de familier, som i stuvende fulde togvogne havde kurs mod koncentrationslejre, må hun nu flygte til Berlin, for at genoptage kampen for frihed.
Et år senere. Hanni har fået nyt navn og bor alene i en lille lejlighed i udkanten af Berlin. Hun arbejder på at indsamle beviser mod sin fars forbrydelser, som hun kan overlevere til de britiske myndigheder. Men hendes plan trues, da hun finder et lig gemt i en sønderbombet bygning og møder Freddy, en ung efterforsker med et plaget sind.
Mens Hanni og Freddy opklarer de chokerende sandheder bag Hannis fund, bliver de håbløst forelskede De skjuler begge sandheder fra krigens, og Hanni ved, at en fremtid med Freddy er håbløs, medmindre hun konfronterer sin egen fortid.
Kommandantens datter er første bind den storslåede serie om Hanni Winter. En hjerteskærende fortælling om nazismens grusomheder og det enkelte menneskes magt til at ændre kursen for sin egen skæbne.