Afyonkarahisardan Osmanlı Məclisi-Məbusanına millət vəkili seçildi. 1915-ci ildə İttihad və Tərəqqi partiyasının Mərkəzi Komitəsinin üzvü oldu. Oktyabr çevrilişindən sonra Qafqaz ordularının siyasi müşaviri kimi getdiyi Rusiyadan (mətndə belə getmişdir, əslində Azərbaycandan olmalıdır – V.Q.) döndüyü zaman İstanbulda ingilislər tərəfindən həbs olunub Malta sürgününə göndərildi.
Sürgündən 1921-ci ildə dönən Ağaoğlu Anadoluya keçərək Ankara Hökumətinin Ümumi Mətbuat baş müdiri vəzifəsində çalışmağa başladı. İkinci və üçüncü dönəmlərdə Qars millət vəkili kimi Türkiyə Böyük Millət Məclisinə seçildi. 1930-cu ildə Cümhuriyyət Sərbəst Firqəsinin qurulmasında iştirak etdi, partiyanın siyasi xəttinin müəyyənləşdirilməsində mühüm xidmətlər göstərdi. Partiyanın öz-özünü buraxmasından sonra İstanbula dönüb Darülfünunda hüquq tarixi dərsləri verdi. Bu illərdə hakim Cümhuriyyət Xalq Partiyasına müxalif yazılarına görə nəşr etdiyi “Axın” qəzetini hökumətin təzyiqləri nəticəsində bağlamalı oldu. Ardınca ölkədə həyata keçirilən universitet islahatı nəticəsində ali məktəblərdəki fəaliyyəti də sona çatdı və təqaüdə çıxdı.
Düşüncə və yazılarında Qərb liberalizmini və azadlıqlarını əsas kimi götürərkən islam islahatçılığını, laikliyi1 və demokratik milliyyətçiliyi də ardıcıllıqla müdafiə edən Əhməd Ağaoğlunun əsas əsərləri aşağıdakılardır: “İslam və Axund” (1900), “İslamda qadın” (1905, 1959), “Üç mədəniyyət” (1927, 1972), “Sərbəst İnsanlar Ölkəsində” (1930), “Dövlət və Fərd” (1933).
1 Dövlətin qanunvericilik sistemində hər hansı bir dinin ehkamlarının birbaşa norma şəklində tətbiq olunmasının qadağan edilməsidir.