Suprotno gledište, nazvano teorija zamene, pripoveda sasvim drugačiju priču – o neuklapanju, odbojnosti, pa možda čak i genocidu. Prema ovoj teoriji, sapijens i druge ljudske vrste imali su različitu anatomiju i, najverovatnije, drugačije navike parenja, pa čak i telesne mirise. Usled svega toga, nisu bili naročito seksualno zainteresovani jedni za druge, a čak i ako bi se neki Romeo Neandertalac i Julija Sapijens i zaljubili jedno u drugo, ne bi mogli da donesu na svet plodno potomstvo