Фэнни Флэгг начала писать скетчи для ночного клуба Upstairs at the Downstairs в 19 лет. Там ее заметил создатель шоу «Скрытая камера», он пригласил девушку писать сценарии на программу, а позже и играть. С тех пор Флэгг реализовывает себя и как актриса, и писательница на телевидении, в кино и театре.
В 1978 году новелла Флэгг заняла первое место на конференции писателей в Санта-Барбаре. Работа стала основой для ее дебютного автобиографического романа «Дэйзи Фэй и чудеса». Он написан в форме дневника 11-летней девочки — Дейзи Фэй Харпер. Книга оставалась в списке бестселлеров The New York Times в течение 10 недель. Ее вторая книга «Жареные зеленые помидоры в кафе “Полустанок”» стала самой популярной — она оставалась в том же списке The New York Times 36 недель. Роман был высоко оценен такими писательницами как Юдора Уэлти и Харпер Ли. Флэгг также участвовала в написании сценария к одноименному фильму и была номинирована на Оскар.