Otra característica importante de Mycin era que, contrariamente a Heuristic Dendral, el mecanismo inferencial, que llevaba a cabo el encadenamiento hacia atrás de las reglas, era un programa llamado motor de inferencia, separado e independiente de las reglas que componían lo que se denomina la base de conocimientos. Esto permite reutilizar el mismo motor de inferencia para otras aplicaciones simplemente cambiando la base de conocimientos, es decir, el conjunto de reglas.