Mikkel Harris Carlsen debuterede i 2013 med novellesamlingen Kakerlakmennesket, hvorom en anmelder skrev: ”Carlsen leger med det danske sprog, som var det hans egen opfindelse, og man er på intet tidspunkt i tvivl om, at dette værk er noget unikt og specielt” (Apokalyptisk). Et par år senere udkom Midnatsmuse på Kandor, en samling af poetiske og altmodische gysernoveller, som blev nomineret til Årets danske horror-udgivelse. Derudover har han bidraget til en række novelleantologier. Carlsens sære og sælsomme historier kredser gerne om det groteske og gådefulde, om nervøse og jagede karakterer, forunderlige metamorfoser og afsporede virkelighedsopfattelser og svinger i tone mellem det mareridtsagtige og det tragikomiske. Om en af hans noveller skrev Politiken: ”Carlsens novelle er et strålende eksempel på, at den fantastiske genrelitteratur, når den er bedst, kan ryste læseren og på litterær vis behandle de mest substansfyldte og eksistentielle emner.”
I 2016 udkom romanen M, der udspiller sig i 1930’ernes London og som på baggrund af nazisternes bogafbrændinger er lagt an som en fejring af skrivelyst og fortælleglæde over for ensretning og forfølgelse. Samme år udkom den sorthumoristiske kortroman Fuglene (Forlaget Æther), der i en symbolsvanger mikstur af social satire, absurd farce og surreel gru lader hovedpersonen, den klassiske ’lille mand’, udsætte for en mangfoldighed af overgreb, ydmygelser og undertrykkelse som en troldspejling af aktuelle samfundstendenser.
Mikkel Harris Carlsen har to gange modtaget arbejdslegat fra Statens Kunstfond og blev i 2014 belønnet med Niels Klim-prisen for Årets bedste science fiction-novelle.