La historia del Escuadrón 20.20 comienza en la pirámide de Chichén Itzá, en donde Maceo se encuentra explorando en busca de unas reliquias mayas. En el proceso de búsqueda, repentinamente un extraño portal secreto se abre justo debajo de nuestro protagonista, tele transportándolo instantáneamente a un mundo paralelo donde los mayas habitan y monitorean las actividades de la gente en la tierra.
Al llegar a este lugar, los mayas informan al explorador que ha sido elegido por todos para crear un equipo especial para ayudar a los animales en peligro de extinción, puesto que de ellos depende que la profecía del fin del mundo no se cumpla. Los animales, según los mayas, son la clave que mantiene la vida en la tierra, y es de vital importancia que ellos sobrevivan.
¡Así comienza la aventura del Escuadrón 20.20 y su lucha por salvar al mundo!